Ambas são grandes máquinas, mas a Nikon D90 é de 2008, a Canon 550D de 2010. A última é mais evoluída em termos tecnológicos, muito mais pixels e vídeo full HD. De qualquer forma como máquina fotográfica pura e dura a Nikon deve ser ligeiramente melhor, mas acho que a diferença deve ser mínima para um utilizador não profissional comparativamente às vantagens do vídeo full HD e pixels da Canon. No fundo a competidora tecnológica desse segmento da 550D é a Nikon D7000, só que Nikon é mais caro claro.
Para um não profissional e sem ser possuidor de lentes de anteriores máquinas, a minha opção neste caso seria a Canon, daqui a 2 ou 3 anos se por acaso quiseres vender a máquina, a D90 vai valer menos por não ter o vídeo full HD e dos pixels a menos, aliás, elas desvalorizaram já mais do que é habitual por isso, no mercado de usados nacional já encontras corpo da D90 aí pelos 450/500€ conforme o uso.
É sempre uma opção difícil, no meu caso valorizo bastante o vídeo, não só pelo full HD mas também do vídeo da D90 não ter focagem automática, etc. Acho que termos full HD desfrutando das ópticas destas máquinas é uma pequena revolução com que poucos sonhávamos até há poucos anos atrás. Outros terão outras opiniões.